Ce n’est vraisemblablement qu’au cours du XVIème siècle que se constituèrent, sur la partie centrale de la côte Est malgache, les premiers îlots de peuplement. Des navires portugais croisaient déjà au large…
La légende raconte qu’un des premiers villages se serait situé aux alentours de l’actuel VATOMANDRY. Le chef de ce village, dénommé Mandry aimait à contempler la mer sur des rochers granitiques (rocher se dit « vato » en malgache) d’où l’appellation Vatomandry.
Au début du XVIIème siècle, Toamasina n’est encore qu’un petit village de pêcheurs mais, grâce à son emplacement privilégié, déjà très convoité par les grandes puissances de l’époque. Les français y installent un comptoir de la « Compagnie des Indes Orientales ».
Au cours du XVIIème siècle, Foulpointe sera, un temps, le principal lieu d’implantation notamment des aventuriers et hommes d’affaires français. Toamasina reprendra rapidement son rang.
De 1811 à 1816, l’Angleterre s’empare de la ville qu’elle restitue aux français.
En 1817, le roi Radama 1er atteint Toamasina et découvre la mer pour la première fois. « Toa masina » - « C’est salé !» s’écria-t-il en goutant l’eau de la mer. Expression qui donnera vraisemblablement, son nom à la ville.

Du protectorat français (1895) jusqu’à l’indépendance (1960) la ville ne cesse de s’étendre. Le gouverneur Gallieni mit en place un plan d’urbanisme : route, chemin de fer, canaux donnèrent un tout nouvel essor à la région, devenue un carrefour commercial culturel. De cette période jusqu’à nos jours, le port ne cesse également de se développer. Aujourd’hui, les ¾ des marchandises d’importation et d’exportation malgaches transitent par le port de Toamasina.